Under räkenskapsåret som slutade den 31 mars 2012 gick Nintendo med en förlust på ungefär 3,2 miljarder kronor. Företaget hade tidigare räknat med en förlust, men den var på nästan en miljard mer än beräknat.
Som anledning angavs att 3DS-försäljningen gick långsammare än väntat i USA och Europa samt att spelförsäljningen till både Wii och 3DS gått dåligt. Sist men inte minst säljs 3DS till förlust för Nintendo efter prissänkningen i början av hösten 2011.
Under 2012 räknar Nintendo med att gå plus på 3DS-försäljningen och hoppas att lanseringar som New Super Mario Bros 2, 3DS Animal Crossing och Wii U ska vända företagets förlusttrend.